成立背景
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1896年，美国成立了国家刑事鉴定局（英语：National Bureau of Criminal Identification），向全美各地的机构提供识别已知罪犯的相关信息。1901年，由于时任美国总统威廉·麦金莱被暗杀，使得人们意识到美国正遭受无政府主义者的威胁。司法部和劳工部多年来一直在记录无政府主义者的情况，但西奥多·罗斯福总统希望获得更多权力来监视无政府主义者[14]。
自1887年以来，美国司法部就一直受命负责监管州际贸易（英语：Interstate Commerce Act of 1887），尽管它缺乏相关人员。在20世纪之交的俄勒冈土地诈欺丑闻（英语：Oregon land fraud scandal）之前，它几乎没有做出任何努力来缓解人员短缺。罗斯福总统指示时任司法部长的查尔斯·波拿巴（英语：Charles Joseph Bonaparte）组织一次独立自主的调查并只向他报告[15]。
波拿巴向包括美国特勤局在内的其他联邦机构寻求人员方面的支持，特别是对调查员方面的需求。1908年5月27日，国会禁止司法部使用财政部雇员，理由是担心这个新机构会成为秘密警察部门[16]。而在罗斯福总统的再次督促下，波拿巴终于组织起一个正式的调查部门——调查局（Bureau of Investigation），这个部门将拥有自己的特别探员[14]。
调查局成立
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联邦调查局的前身调查局（Bureau of Investigation）成立于1908年7月26日[17]。司法部长波拿巴利用司法部的开支雇佣了34人[14]，其中包括特勤局的一些资深人士[18][19]。斯坦利·芬奇（英语：Stanley Finch）是调查局的首任主管（现称局长）。波拿巴于1908年12月将这些事宜通知美国国会[14]。
调查局的第一个官方任务是走访和调查卖淫场所，以准备执行1910年6月25日通过的《曼恩法（英语：Mann Act）》（又称“白奴贩运法”）。1932年，调查局改名为美国调查局（United States Bureau of Investigation）。
改名经过
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1933年，美国调查局（United States Bureau of Investigation）与禁酒局建立隶属联系并更名为调查处（Division of Investigation）；1935年，调查处最终成为美国司法部内部的独立机构[18]。同年，调查处也正式改名为联邦调查局。
胡佛时代
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第一次世界大战期间，胡佛在司法部找到了工作。他很快就被提升为敌国公民登记部门（Enemy Aliens Registration Section）的负责人。1919年，他成为司法部新成立的总情报部门主管。1921年，他成为调查局的副局长，1924年，司法部长任命他为代理局长。总统哈定去世，上任调查局长威廉·J·伯恩斯卷入茶壶山丑闻案。
1924年5月10日，柯立芝总统任命胡佛为调查局的第六任局长，此时的调查局有650名雇员，其中包括441名特别专员。1935年7月1日，调查局（BOI）改制为联邦调查局（FBI），胡佛继续担任联邦调查局第一任局长，直到1972年逝世。总计胡佛一生担任调查局最高官员，长达47年又358天，成了任职最久的调查局局长。
胡佛时代下的联邦调查局遭受了许多批评。许多批评者认为，他的行为已经超出了联邦调查局的职责范围。他利用联邦调查局骚扰政治异见者和政治活动分子，收集整理政治领袖的秘密档案，还使用非法手段收集证据。也正是由于胡佛掌管联邦调查局时间过长且富于争议，自1972年起联邦调查局局长任期限制为10年，由总统提名再经参议院确认任命，然而这一规定并不能约束总统特许权，作为一个领导者，胡佛以其反复无常的性格闻名；他频频解雇那些在他看来“像个白痴的卡车司机”或者是“榆木脑袋”的人。他还常常将触怒自己的调查员派去执行琐碎的任务，让他们永无出头之日，抑或是调换他们到新的单位，这些单位往往宣告调查员们职业生涯已尽。梅爾文·珀維斯就是很典型的例子：他凭借30年代抓捕和粉碎帮派势力的行动成为局内能力最强的调查员，并为公众所熟知，但对此颇为妒忌的胡佛随即以职务调遣为名把他赶出了联邦调查局。
九一一袭击事件
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2001年9月11日，聯調局探員小李奧納德·哈頓（英语：Leonard W. Hatton Jr.）在救援世貿中心南塔疏散群眾的過程中喪生。時任局長羅伯特·穆勒（一週前甫宣誓就職）在事件後下令對組織進行全面的重整與再檢視，將多項聯邦等級的犯罪行為與相關調查標記為業務要點，包括：遏止恐怖主義行為、對外情報工作、網路安全、高科技犯罪、組織犯罪、白領犯罪等[20]。
九一一事件的專門委員會（英语：9/11 Commission）於2004年7月22日發布了最終的事件調查報告，當中做出結論，指聯調局與中情局兩方在事前皆輕放可能的情報來源，而這些情報本有機會阻止事件的發生。報告指出，兩機構「未為國家盡責」（"the country had not been well served"），並列出針對聯調局的改善建議[21]。聯調局接納了委員會報告大部分的建議，包括接受國家情報總監的監管[註 2]。不過，部分的委員會成員批評聯調局實際上對大程度的變革仍有抗拒[22]。學者則指出，除了聯調局、中情局為首的情報體系各部門之間因門第之見而缺少溝通之外，聯調局本身去中心化的結構，各地聯調局分處的合作效率低下等問題，皆使得該單位在九一一事件前未能發揮最大職能[23][24]。
後續歷史
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2021年2月2日，联邦调查局特工在佛罗里达州执行搜查令时有2名特工遭枪击身亡，3名特工受伤，这是联邦调查局数十年来人員損失最慘重的一次执法行动。[25][26]